Das LBI-CR wird bis zum Ende seiner Laufzeit dreimal evaluiert. Zwei dieser Evaluierungen durch ein Gremium namhafter Wissenschaftler haben bereits erfolgreich stattgefunden.
2008 wurde die Evaluierung von Prof. Gerard Evan (University of California, San Francisco), Thomas Graf (Centre for Genomic Regulation, Barcelona) und Tak Mak (University of Toronto) durchgeführrt. Sie zeigten sich vom Fortschritt innerhalb von drei Jahren beeindruckt und erwähnten besonders den Enthusiasmus und Mut des jungen Teams.
Ein Zitat aus dem Evaluierungsbericht 2008: "We view the LBI-CR as a promising new institute in the field of cancer research, run by a group of talented young researchers. We therefore recommend that research at the LBI-CR should besupported beyond the 4 year time-line."
2011 wurde die zweite Evaluierung von Prof. Gerard Evan (Cambridge University), Prof. Thomas Graf (Center for Genomic Regulation, Barcelona) and Prof. A. Thomas Look (Harvard University, Boston) edurchgeführt. Auf der BAsis der ebeindruckenden FOrschungsleistung emphahlen sie eine zweite Förderperiode von sieben Jahren und regten ein Integrationsszenario für das Institut an, um die aufgebaute Expertise für die österreichischen Wissenschaftsstandort zu erhalten.
Ein Zitat aus dem Evaluierungsbericht 2011: "Overall, the external evaluation committee was very impressed by the ongoing progress of the LBI-CR and recommends that the partners should do all that is possible to secure the survival of this uniquely innovative, small research institute."
Im November 2015 wird das LBI-CR zum dritten und letzten Mal evaluiert.